Nakon što je Eduardo objavio priopćenje u kojem se oprašta od hrvatske nogometne reprezentacije nije dugo trebalo čekati na odgovor Nike Kovača. Hrvatskog izbornika očito su zasmetale rijeći Eduarda u kojima Brazilac tvrdi: "Ne mogu se oteti dojmu da su gorki trenuci posljedica djelovanja osoba koje formalno nisu dio reprezentacije, ali imaju stvarno velik utjecaj na njezin rad i njezine vodeće ljude. Smatram da sam zbog toga bio lišen poštenog i pravednog tretmana"
Kovač se očitovao na službenoj stranici Hrvatskog nogometnog saveza.
- Svatko ima pravo izbora oko igranja u reprezentaciji, pa ćemo tako poštovati i Eduardovu odluku. Dijelio sam s njim svlačionicu kao igrač i imam visoko mišljenje o njegovim nogometnim kvalitetama. Iz respekta prema njemu kao igraču i čovjeku ne namjeravam ulaziti u nogometne detalje zbog čega nije igrao više na Svjetskom prvenstvu, rekao je Kovač za službenu stranicu Hrvatskog nogometnog saveza demantiravši da itko utječe na njegove odluke.
- Svaku odluku u pogledu vođenja hrvatske reprezentacije donosim isključivo ja. Kada je u pitanju odabir igrača, uvijek kažem da istina leži na terenu. Jedini utjecaj na mene imaju upravo reprezentativci, svojim nastupima, formom, zalaganjem i ponašanjem u reprezentaciji, na treninzima kao i u klubovima. Naravno da svatko tko nije igrao ima pravo biti razočaran, no to razočaranje ne treba biti razlog za depresiju već motiv za još veće dokazivanje, zaključio je izbornik Kovač uz poruku za nastavak karijere. Hvala Eduardu na velikom doprinosu hrvatskoj reprezentaciji te mu želim svu sreću ovoga svijeta u budućnosti, puno zdravlja, uspjeha i pogodaka, zaključio je Niko Kovač.